ログイン後　起動までの時間が長い

お世話になります。

まず始めに私の環境です。

本体：iMac 27inch 2015Late

OS：10.12.5

メモリ：24GB

ストレージ：1TBフュージョンドライブ（BootCampにてWindows10もインストール）

外付けHDD：USB3.0接続のHDD

最近、起動時にユーザー選択、ログイン後、

デスクトップが表示されるまでの時間が長くなっていることに気がつきました。

以前はログイン後30秒もかからなかったと思うのですが

今は2分程度かかっています。

デスクトップが出るまでにレインボーマークが出てきますが

待っていればそのまま起動します。

起動してしまえばトラブルも何もなく普通に使えます。

なお、起動時にユーザーを選択する画面までは

何の異常もなく普通に速いです。

ディスクユーティリティによる検証、

アップルハードウェアテストによる検証では何も異常は出てきません。

OnyXによるメンテナンスやキャッシュの削除および

セーフブート後も基本的に症状はそのままですが、

何回かメンテ、キャッシュを削除していると稀に再起動が速くなるときもあります。

が、そのときでも、再び再起動すると元の速度に戻っています。

次にUSB3.0接続の外付けHDDにOSをインストールしなおし、

time machineからデータをすべて移行すると

起動は速いです。

もちろん内蔵HDDで速かったときに比べれば時間はかかりますが

それでも現在の内蔵HDDよりも速く起動できます。

このことからユーザーデータそのものに異常はないように思っております。

次に内蔵HDDのMac部分（Boot Camp領域はそのまま）を初期化して

OSを再インストール、time machineでデータ移行すると

起動速度は遅いままです。

こうなると同じデータで、内蔵HDDだと遅いことになります。

なんとか内蔵HDDから起動したときに

正常な速度で起動するようにしたいのですが、他になにかできることはありますでしょうか？