MBP2017,SSD1TBモデルです．
図のように，システムが占める領域が大きすぎます．
書類が大きいのは，VMwareFusion（180GB程度）で利用しているためですが，システムに含まれるであろうもので大きなものは，GoogleDriveFileStream（235GB程度）であり，OSその他含めてもここまで多く占めているものは考えにくい状況です．
なお，先日Googleフォト（300GB程度）の同期をやめ，保存していたものを消去しました．OSがHighSierraですので，もしかしたらAPFSの影響かな...とも思いますが，残り100GBを切るとさすがに精神衛生上よろしくないため，どうにかしたいと思っています．
何か手立てはございますでしょうか...
なお，TimeCapsuleを使用しております．
MacBook Pro (13-inch, 2017, 4 TBT3), macOS Sierra (10.12.5)
> 原因は他のディレクトリ
最初のduコマンドの出力で少し気になるのは、ところどころ、Operation not permittedのエラーが出てることです。本来、sudoで実行してます（root権限で実行）ので、そんなエラーは出るはずがないのですが。うちは、まだ、メーンはSierraですが、High Sierraでやるとそうなるのでしょうか？
それと、このコマンドを実行すると、最後に / のサイズを表示しますが、その値では562GBになってます。一方ファインダーでは空きが80GB程度になるということで、400GB程度の食い違いがあり、ちょっと食い違いが大きすぎます。
Google Driveのキャッシュ（〜250GB）とか、VMWareのイメージファイル（180GB）などのことを考えたら、562GBというのはまあそんなものかな、と思います。
なので、Operation not permittedとなる領域がその食い違いの原因かな、とも思います。この領域は、/private/var/folders以下ですが、もともとこの領域は一時ファイルが生成されるところですので、このエラーになるフォルダー（n0、z6、zz）をターミナルかシングルユーザモードで起動して削除してしまうのも手かなと思います。手動で削除するのは、例えば、n0なら、
sudo rm -fr /var/folders/n0
とすれば削除できるはずです。/varは/private/var へのシンボリックリンクですので、/varとしても、実際には、/private/varへの操作になります。ただ、duコマンドでエラーになるところですから、この操作でもエラーになるかもしれませんけど。その時はシングルユーザモードで起動（起動時、command + s）して、
mount -uw /
として、上記のコマンドを実行します。シングルユーザモードではrootで実行されますので、エラーになる確率は低いと思います。
ターミナルで、
sudo ls -l /var/folders
として、n0、z6、zzなどのフォルダーの所有者やパーミッションがどうなってるかを調べると、エラーになる原因も分かるかもしれません。
ということですと，差し引き300GBは何らかの不可視なデータと考えればよろしいのでしょうか．
となるとやはり初期化しかないのでしょうか...
夜中であるにも関わらず，お時間を頂戴してしまい申し訳ありません．
しかしもう一度見てみるとCacheと含まれていますね...うーむ...
Libraryの方のDriveFSフォルダにアクセスしてみると，このようなディレクトリが生成されていました．
なお，先述の仮想外付けデバイス（ここでは画面左中央から開けますね）を開くと，通常のデータ（GoogleDriveにアップしているデータ）を開くことができます．
ありがとうございます．
試してみたところ，一旦は消せました．
しかし，再起動をかけるとGoogleDriveFileStreamで同期が開始され，再び先程のフォルダの容量が元に戻っていってしまっています．
いっそ初期化して1から設定し直そうかとも思いますが，やはり手間もかかりますし，どうにか手はないものでしょうか...
なるほど。
正常だろうと思って原因は気にしていませんでしたがSIP なのかもしれないですね。今、手元にMac がないので後ほど試してみます。
夜分遅くにも関わらず，誠にありがとうございます
やってみましたところ，
7 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d24
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d46/d122
7 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d46
10 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d25
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d49
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d0
8 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d53
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d54
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d38
10 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d52/d86
13 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d52
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d37/d57
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d37
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d30/d71
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d30/d20
13 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d30
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d45/d97
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d45
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d42
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d29/d70
7 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d29
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d11/d144
7 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d11
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d27/d145
9 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d27
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d28
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d3/d19
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d3
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d5/d118
7 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d5
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d32/d107
10 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d32
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d50
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d59/d19
10 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d59
5 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d58/d122
6 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache/d58
259 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*/content_cache
260 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS/*共通している英数字混合の羅列*
260 /Users/*username*/Library/Application Support/Google/DriveFS
260 /Users/*username*/Library/Application Support/Google
というようになりました．
GoogleDriveの企業版（GoogleApps）のみ利用できるGoogleDriveFileStreamによって同期されているGoogleDriveのフォルダではないかと思われます．（一般向けのBackup＆Syncと異なり，同期するように設定すると，仮想外付けデバイスが作成され，それにアクセスすることでファイルが触れるようになっているのです．）
この場所以外にGoogleDriveと同期しているファイルはありませんし，ファイルの総量もほぼ似たような大きさに思えます．
しかし，もしそうだとするとなぜこれほど空き容量がないのか...
お手数おかけして本当にすみません．
追記：音楽データを誤って消去していたようで，その分復元致しましたのでMusicフォルダに8GBプラスされました
ディスクの[システム]が大きすぎる
