iPad上でmacから同期した写真が消せません

Macから同期した写真はMacで削除してください。その後再同期するとiPadからも消えます。

これは当初からの仕様だと思います。

iPadで削除したい特別な事情がおありなのでしょうか。

iPhone、iPad、iPod touch で写真を削除する - Apple サポート

ご参照ください。

う〜ん、ダメでしたか…

ちなみに、同期元は写真アプリですか？

私はまだiPhotoを使っているのですが、iPhotoの場合、写真を削除するとか新しく追加するとかでライブラリを変更した場合、iPhotoを終了しておかないと同期してもiPhone側に反映されないようです。写真アプリも同じかどうかはわかりませんが、削除後アプリを起動したままiTunesとの同期をしていらっしゃるようなら、念のため写真アプリを終了（command + Q）してから同期してみてはいかがでしょうか（ご存じと思いますが、終了とは左上のボタンでウインドウを閉じることとは違います）。

それでもダメなら…ちょっと良い案が思い浮かびません（できるはず…としか）。