>iphoneがウィルス感染したとして、
基本的には、この仮定自体がほぼあり得ない話ですけど、
>駆除できるとここのサイトでも確認できたのですが、
ここのサイトとは?ネット上の情報は玉石混交なので鵜呑みにはできません。具体的なURLを示したほうが良いですよ。
>①電話中にやたらとノイズがはいる
単にハードウェア上の故障では?あるいはケースや保護フィルムでノイズキャンセルが正常に動作していないとか。
>②記憶は曖昧だけど身に覚えのない発信履歴(時報)がある。
「記憶が曖昧」と言われてしまうと、単に人為的な問題の可能性も否定できません。また、ハードウェアの不調が原因でゴーストタッチを生じ、勝手に電話を掛けるという話も昔からよくあります。
>明らかな詐欺メールを開いたことと、
詐欺メールを開いてもシステムがウィルス感染することはありません。詐欺メールは、相手を騙して不正なURLに導き、そこで個人情報を入力させることで被害を生じさせるものです。詐欺メールはウィルスではありません。
>怪しいサイト(Androidのウィルスバスターでブロックされたサイト)にアクセスした
ブラウザで危険なURLにアクセスしたとしても、システムがウィルス感染することはありません(ブラウザの動作に異常を生じたり、ブラウズ情報や個人情報を抜き取られる可能性はありますが)。
少なくとも、電話のノイズがウィルス起因である可能性はほぼ0です。
>Apple IDはそのまま使用しても大丈夫なのでしょうか?
まずは、ハードウェアの問題であるかどうかを特定するため、現在のバックアップを確保した上で暫定的に別IDを新規に作り、システムを復元した後にアプリなどを入れずに動作チェックしてください(電話のノイズとかはすぐチェックできるはず)。
これで問題があるなら、ハードウェの問題(ケースやフィルムも含めて)ということになります。