キャリア決済だけにしたいのにどうしてストアクレジットから引かれるんですか？

iCloudはキャリアとの契約ではなく、Appleとの契約なので、Apple IDにご自身が設定されている決済方法が適用されます。

設定→ご自身のお名前(Apple ID)→支払いと配送先

にて、1番上になっている決済方法でiCloudは支払われます。

ここにキャリア決済を1番上に設定していれば、キャリア決済でiCloudストレージの支払いができます。

支払には、チャージされたクレジットが優先して使われるからだと思われます。

残高が 0 になるまでは、チャージ分から引かれます。

残高が無くなるか差額が発生するなどが、あれば、その時点からキャリア決済されるはずです。

ストレージの支払いだけをキャリア決済で、App Storeなどでのコンテンツ購入はStoreクレジットで、というような使い分けは、現状ではできないのだと思います。

＞Yu-sakiさん

Apple IDに残高があれば、まずそこから使われ、この順番は変えられないはずです。