初期化する事でアップルIDも消去されますか？

Apple IDは消去されません。サインアウトされるだけです。

初期化したiPadとの紐付きは無くなります*が、サインインすれば再度紐付きます。

*アクティベーションロックが発動する様な初期化方法（リモートで削除した等）の場合は紐づいたままで初期化されます。

Apple IDも消去って、ipadからApple IDが消えるか？という意味ですか？

そういうことなら、消えます。

しかし、初期化する際、Apple IDのパスワード要求されます。(Apple社に購入証明書を添えて依頼しない限り）、Apple IDのパスワード入力なしで紐付けを解除することはできません。