古いiPadの下取りはどこから申し込むのでしょうか？

Apple Storeで注文する時に、順に必要事項を入力してゆくと、下取りがあるかどうかを聞いてきますが。

注文時に下取りありとしておかないと、trade inにはなりません。

もし、すでに、注文してしまったのなら、すぐキャンセルしてもう一度やり直すことです。

>新しくiPad miniを購入しようと手続きを進めていますが

すでに書かれていますが、購入手続きの比較的早い段階で「下取りにする製品を持っているかどうか」の選択肢が出てきたと思います。