起動ディスクを外部に切り替えるとMacintoshHDが認識しなくなる。

MacintoshHD（本体）で起動時にデスクトップに表示されるアイコンが外付けディスクを起動ディスクに切り替えるとMacintoshHDのアイコンが消えてなくなります。更にディスクユーティリティにも全く認識されていません。環境設定内のハードディスクと外部ディスク項目はチェックされています。

都度電源を落としてその外付け側を切った状態で再起動すると正常に戻るのですが、何故そうなるのか対処方法がありましたら教えてください。