まったく同じケースでアメリカより一時帰国、本日、大阪心斎橋アップルでも同じこと(免税はできない)を言われました。
また、iphone 13 Pro Max/iPhone 13については在庫はあるが、クレジットカードの一括払いでは購入できないと、オリオンバンク(Orin bank?)の分割払いで買うのなら、販売できますと言われました。そのオリオンバンクとの分割払いのアップル契約はマイナンバーと日本の運転免許書が必要のため、実質的には海外在住者と外国人には条件不足で作れないことから、日本に住む人にしかiPhone 13 Pro or iPhone 13が購入できません。お店の話では、在庫にかぎりがあり、制限しているんだとのことです。(iPhone 13 Proは在庫ないから、だれも買えません。iPhone SEは逆に在庫がかなりあるようで、どなたでも購入できますと)
先ほど、アップルの本社カスタマーサービスに報告しました。ハイデマンド商品で在庫が厳しいといっても、カスタマーの支払い手段うんぬんで差別をする実際の操作はアップルポリシー違反だと思います。すべての顧客は平等に扱うことはアップルプロトコルのintegrityにあり、こういう明らかな海外から日本に来る人には満たせられない条件で販売を拒否している操作practice、顧客を差別するのはおかしいなことです。海外から来る人に売りたくなければ、「iPhone 13 Pro Max/13 or whatsoever xxx are for Locals Only」と店の外にサインでも出せばわかりやすいかと思います。しなくて、実際の操作はこれをほのめかしているのはかなりおかしいと思いますよね。
アップル直営店で免税除外の申請をしたかどうかわかりませんが、昔ができて今はできないとなると免税除外の申請をした可能性がありますね。国土局に直接的に聞くと調べられるかもしれません。
https://www.mlit.go.jp/kankocho/tax-free/support.html