別の電話番号を登録した場合メッセージは同期されるのでしょうか？

iPadの電話番号って何ですか？

iPadは電話もsmsもできませんが。

セルラーモデルの場合、simをセットしてモバイル通信できるようにできますが、電話はできません（iPadにその能力はありません）。simには管理用の電話番号もどきが付随してることはありますが、データ通信のみのsimであれば、それは管理用の番号というだけで電話とは無関係です。

確認コードはApple IDに設定した信頼できる電話番号に送ってくるもの。

メッセージはApple ID同士でやり取りするものです。電話番号は直接は関係ありません。もし、iPhoneを使ってれば、その電話番号は設定したApple IDとリンクします。

色々混乱してませんか？