同じappleIDを２台のIphoneで使用しています。iCloudの バックアップに問題が出ますか？

自身がつかうiPhoneなら複数のiPhoneに同じApple IDを設定するのはごく普通のことです。というか、そのように使うのが便利なように設計されてます。

バックアップはデバイス単位です。

ただ、コンテンツを移行したい時には、別のiPhoneのバックアップ（バックアップにデバイス名が付くので区別可）を選択して移行できます。

コンテンツの移行時に、契約してるiCloud容量を超えてバックアップのために一時利用できます。

新しい iPhone や iPad の購入時に iCloud ストレージを一時利用する - Appleサポート

なので、iCloudを無料の5GBしか使えない状態でも、一時利用のiCloudを利用して60GBのiPhoneのバックアップができます。利用できる期間などはサポート記事を見てください。

一般には、機種変更でコンテンツを移すのはクイックスタートを利用するのが簡単です。

デバイス単位ですよ。