ファイルアプリからファイルが削除できない

「この解答で解決」が付いているので、もう済んでいるハナシかと思います。

が、

余計なお世話かと思いましたが、念のため。

「ファイルアプリのリストの中にある特定のファイルだけを削除したい。」ということではないのですか？

リストの中の削除したいファイルを長押しします。

すると、

下記画像のメニューが出ます。

で、「削除」を選択すれば、

そのファイルは「最近削除した項目」に入ります。

この段階では、ファイルは、まだiPhoneの中にあります。

ですので、復元も可能です。

ファイル App でファイルを削除する／削除したファイルを復元する - Apple サポート (日本)

「最近削除した項目」の中にあるファイルを削除すれば、完全に削除です。

この作業をしたら、もう取り戻すことは出来ません。

追記：

ファイルアプリで、特定のファイルだけを削除できますので、

ファイルアプリを、削除はしなくてもよいと思うのですが、、、

削除したいファイルを選択していますか、選択すると画面下に削除の文字が実行可能になります。

選択をタップしていないと削除の文字は表示されません。

>ファイルアプリの中に入ってるので、

ファイルアプリはファイルの存在を見せてるだけなので、「入っている」というのが意味不明ですが、

心配なら、どこかのクラウド（例えば、iCloud drive）にでもコピーを保存しておけばいいのでは。

>ファイルアプリを削除してしまえば、今現在必要なファイルまで削除されることになりますよね？

何故？

それらのファイルがどこに保存されているかを考えるべきでは。