iPad AirでPDFのデータは開くのですが何回やっても表紙のページ（最初のページ）に戻ってしまう

400ページものpdf扱ったことないのでうまくいくかどうかわかりませんが、ということで。

何で読んでますか？

usbから取り込むということはファイル.appで見てると思いますが、それをブック.appに移しても同じですか？

移し方は、ファイル.appで問題のpdfを選択。□に上むき矢印のアイコンをタップ。アプリが表示されますので、ブックを選択、です。ブックがなければ、その他にしてブック.appを選択すれば良いです。

それ、読もうとするアプリが異常終了しています。

もし試せるなら三分割等で試すと、どうなるでしょうか。

クラウド（ブックアプリ+iCloud)に置くのが、より一般的なのでは。