TimeMachineでバックアップしたデータに、侵入禁止マーク付きフォルダがあった場合、きちんと復元されますか？

問題ないです。

あなたのアカウントでサインインした時、他人のアカウントのフォルダーが侵入禁止になるのは、他人のフォルダーですから当然です。timemachineでなくても、macにサインインした時、ユーザフォルダーを見ると、他のアカウントのユーザフォルダーはすべて侵入禁止になってます。逆に、timemachineのバックアップだと、他人のアカウントのものでも自由に見えるようでは大変です。

timemachineの復元の際には、ルート権限で復元されますので、すべてのファイルがそのまま復元されます。macOSのインストール時も、たとえ特定の人がやったとしても、ルート権限で実行されてます。でないとシステムのインストールとか、復元とかできません。

他ユーザのフォルダに進入禁止マークがつくのは当然なのでは。

バックアップ除外していない限り、復元されると予想するけど。