iPhoneの撮影か他のアプリでの撮影かの区別の方法

自分でやってるんだから、記憶と照らして見れば分かるんじゃないですか？

＞かもしれないですね。

あくまで、「仮説」でしかありません。

仮説を実証していないうちに、

＞ありそうですね。

「仮説」の上に、「推論」を重ねられては困ります。

推論なさるのでしたら、

仮説を証明なさってからにしていただけませんでしょうか。

ごめんなさい。

他の写真編集アプリをインストールしておらず、使ってもないのに、編集アプリの使用の有無を確認する意味が分かりません。

一体全体、何がしたいのですか？

写真アプリの操作ミスやトラブルで重複が起きているなら、重複写真を結合や削除すれば良いだけでは？

写真アプリ＞アルバム＞重複項目

で確認できますけど…

こちらを参照してください。

Macの「写真」で重複する写真を削除する - Apple サポート (日本)

重複項目が表示されないなら、何らか不具合が出ているので、まずはAppleに問い合わせが良いのでは？

もしくは、クリーンインストールか…

＞mac写真アプリ＞表示＞アルバム　がありますが、重複項目という設定がありません。

重複項目が表示されるのはここじゃないです。

「mac写真アプリ＞表示＞写真」です。

メニューではなくサイドバーを見ればすぐわかります。（重複があればの話ですが）

>重複として抽出されるものとされないもの（質問の最初にある写真）

『されないもの（質問の最初にある写真）』は、

単純に、『「重複」ではない。』からではないのですか？

別のものとなるのは編集してあるからでは？

現段階では、

ご自身が「編集したのを忘れてしまった」可能性を否定できる要素のご提示はないと思いますけれども。

＞iCloudに保存設定しているアプリは全て、iphoneで写した写真を編集操作できているようです。

その根拠は？

iPhoneのアプリがiCloudにアクセスして勝手に写真を更新するの？

そんなことはありえないと思いますが...