Apple IDは、Apple社がユーザを識別するためのものです(Apple社から見れば、Apple IDは個人名と同じもの)。なので、同一ユーザが利用する限り、異なるデバイスであろうと、異なるサービスであろうと同じApple IDを使いまわせば良いのですが(機種変更の際も同じApple IDにすれば良い)。実際同じApple IDを使い回す方がユーザにとっても有利で便利なことがほとんどです(例えば、前の機種で購入した曲やアプリは、同じApple IDを設定すれば、新たに購入する必要もなく、そのまま新しい機種でも使えます)。また、前の機種で使った色々なサイトやWiFiなどのパスワードなども、(デフォルトでは)キーチェーンで同期されますので、同じApple IDを設定すれば、新機種でも前と同じように自動でログインできます。iPhone、iPad、Macなどのように同時に複数のデバイスを使ってるなら、それら全て同じApple IDで使うようにすれば、メモ、カレンダー、連絡先なども(デフォルトでは)同期されとても便利に利用できます。
なので、1年間で使えるアカウントを超えたというのが理解できません。Apple IDを発行しまくったのでしょうか?
今まで別の機種でsuicaをお使いだったのなら、今回のiPhone SEの設定にもそのApple IDを使うようにすれば良いのですが。suicaはjr東のサービスでApple IDは関係ないと思われるかもしれませんが、そのデータの保存にはiCloudを利用しますので、Apple IDを変えると利用の継続性が途切れてしまいます(前のsuicaの残金なども使えなくなる)。別のApple IDにすると、また新たにそのApple IDでsuicaを発行して使えるようにする必要が出てきます。
機種ごと、サービスごとに多数の別のApple IDを使うようにされてたのなら、どれか一つのApple IDを使うようにすべきです。