残高が減っているのに、ゲーム内に反映されない。

失礼致します。

アップルの購入履歴にも反映されていませんでした。

「購入履歴」の確認は、下記リンクの手順 で行われていますでしょうか？

App Store、iTunes Store、その他の Apple メディアサービスの購入履歴を確認する - Apple サポート (日本)

また、「購入履歴」に反映されていないと言うのは、4,900 円分の App 内課金の購入項目自体が表示されていない と言う事でしょうか？

「購入履歴」で何の支払いも発生していない場合は、App Store から一旦サインアウトし、サインインし直してから残高を再び確認 して見て下さい。 

Apple ID の残高を確認する - Apple サポート (日本)

連続して同額の課金を繰り返していたりされませんか？

また、5,000円チャージする直前に他の支払い方法（クレジットカード、デビットカード、キャリア決済）で課金されていたりしませんか？

もしも上記に該当されるようでしたら、ゲーム内での課金の合計額と購入履歴の合計額を比較してみてください。

直前の課金で支払いエラーが起きていたりするとアイテムだけ受け取り、支払いができていない未払い状態が発生することがあります。

未払いがある状態でチャージをすると一定時間毎に残高から優先して清算されるため「チャージして課金したがアイテムが受け取れず残高だけ減った」ように見えることがあるようです。