iBooksとファイルアプリ　PDF管理の賢い使い方　

私は紙に授業での板書を取り、スキャナーでスキャンしてファイルアプリに保存し、閲覧してきました．都度、pencilを用いて加筆修正したり、ファイルアプリをPDF閲覧用として活用してきました．

話は変わり、最近、iBooksにPDF閲覧機能があることを知り、ファイルアプリでの閲覧よりも扱いやすいことがわかりました（個人的に）．

早速、iBooksに移行したいのですが、ここでファイルアプリからiBooksに移行することで発生するメリット、デメリットが発生すると思います．例えば、データの削除だとかそういった管理はファイルアプリの方が容易と言えるでしょう．しかし、横スクロールができることと、洗練されたUIはiBooksの魅力です．そこで他に考えられるメリット、デメリットについてお聞きしたいです．

また、ファイルアプリからiBooksに移行する際、共有アクションから保存するのですが、iBooksに保存後、元ファイルをファイルアプリから削除するとiBooksから閲覧できなくなるのでしょうか？

iBooksのアプリフォルダはファイルアプリから見ることはできるでしょうか？（それさえできればデータの管理も楽なので）

皆様、よろしくお願いいたします．