CDから取り込んだ一部の楽曲が表示されなくなった

CDから取り込んだ曲ファイルは、別途保存しとかないと、apple music解約後に、再取込みが必要になったりしますよ。

>CDから取り込んだ楽曲は、Musicフォルダにあると思われますが、

確認してないんですか。

>曲一覧に表示されない楽曲はApple Musicフォルダに入っています（移動している？）。

apple musicフォルダにある曲も曲一覧に表示されるはずですが(仕様)

>Apple Musicフォルダに入っている楽曲ファイルを手作業でMusicフォルダに移動しても曲一覧やアルバムに表示されません。

手動移動なら、当然の結果ですが。