購入アプリのアップデート方法は？

iphone、ipad mini、両方ともあなたが使うのなら、両方のデバイスは同じApple IDで使う方が良いです。今の場合、無料アプリなので、それぞれでアップデートすれば問題ないですが、有料アプリだと、別のApple IDにしてると、それぞれのApple IDで購入する必要があります。同じApple IDにしてれば、一つ購入するだけで済みます。

今の場合、iphoneの設定＞Apple IDで下までスクロールするとサインアウトがありますので、サインアウトし、ipad mini のApple IDでサインインすれば、両方で同じApple IDを使うことになります。

iPhoneとiPadで違うApple IDを使用していたりしますか？

ダウンロードしたコンテンツは、ダウンロード時のApple IDと関連づけられています。