メールが消えゴミ箱にもない　バックアップ直近なし

どこかのフォルダに紛れ込んでいる可能性はないですか。送信者や件名などからで検索できないでしょうか。

＞@iCloud

iCloudメールということですよね。

iCloudストレージに余裕はありますか？　普通は勝手に削除されることはなく、手がすべったとしても少なくともゴミ箱に入るはずですが、ストレージがぎりぎりだと、どのような不具合が起きるか予測がつきません。

目視だけでなく、検索はしてみましたか？

なお、iCloudメールはバックアップの対象外だと思います（クラウドに保存されているので）。