App Store に Apple ギフトカードのコードを入力したのに、Apple アカウントの残高に表示されない

失礼致します。

下記リンクの「Apple アカウントの残高が正しく表示されない場合」の項目に、以下の様に記載されていますので、確認して見て下さい。

• Apple アカウントの残高が正しくないと思う場合は、App Store または iTunes Store から一旦サインアウトし、サインインし直してから残高を再び確認 して下さい。 

Apple アカウントの残高を確認する - Apple サポート (日本)

また、未払いやサブスクリプションの支払い等が有って、Apple ギフトカードから Apple アカウントに入金しようとしたタイミングで、Apple アカウントの残高から支払いが行われた可能性 は有りませんでしょうか？

App Store、iTunes Store、その他の Apple メディアサービスの購入履歴を確認する - Apple サポート (日本)

残高の確認は、どの手段でされたのでしょうか。

残高表示は、チャージや引き落としがリアルタイムで反映されないことが多々有ります。

しばらく時間を置くか、別の手段でも確認されることをオススメします。