ライセンスを伴うアプリがある新旧macの移行をtimemachineで出来ますか

インテルからm2だと、移行するのはデータと設定だけにしてアプリはやめたほうが良いのでは？

アプリは最新版なら、大抵はユニバーサルで、インストーラはインテル、Appleシリコン両対応なので再購入の必要はないです。ただ、インテル機にインストールされたものをtimemachineでm2機に移行するのは、インテル機用にインストールされてる可能性があるので、問題が起こる可能性があると思います。再インストールするほうが良いと思います。ウィルス対策ソフトには注意深い対応が必要と思います。下手に移行すると、起動しなくなる恐れもあります。

ライセンスは移行した後、もう一度ライセンス認証が必要になることが多いです。再インストールするなら、この辺も普通に対応できます。

CPUが違うんだから、ホームのドキュメントフォルダの中身のみを移行するのでは。

この場合、Time Machineのバックアップを使うほどでもないような。