下取り後の金額だけを用意した上でiPhoneを購入したい

＞一度下取り無しの状態での金額で請求されるのですか？？

いいえ。オンラインでの注文額は、下取り金額が引かれたぶんで請求されます。

先に注文したiPhoneが届き、データ転送。（移行作業）

後日指定日に集荷に来た業者に、iCloudからiPhoneを探すをOFF(端末削除)SIM抜いて全消去して渡すだけです。

ただ、、下取りをちゃんと完了できるか？(動作確認とか損傷で受け取り不可になる可能性)

もありますので、そこはご自身の責任でやってください。

AppleStoreの実店舗で下取りに出して購入すれば良いのでは？

即反映されて、お望みの通りの購入ができますよ。

問題は在庫が潤沢にあるかどうか…

決済する支払い方法の種類やタイミングにもよります。

デビットカードなどは与信で即座に満額差し引かれて、返金は遅れることが結構あります。

また、クレジットカードやキャリア決済も、締日の直前に決済が発生して、値引き返金が、締日より後に発生すると、ひと月遅れで発生することもあり得ます。