オリジナル写真と書き込みされた写真の二つができてしまいます

写真をファイルに保存して書き込みをする際に

この手順を詳細に書くとヒントになるかも。

私が試した手順を書きます。

1. iPhoneで撮影する。
2. 当該写真を写真アプリから共有アイコンをタップし、「未編集のオリジナルを書き出す」からiCloudドライブへ書き出す。
3. ファイルアプリでiCloudドライブを開き、当該写真を編集（フリーハンドで何か書く）し、完了をタップする。
4. もともとのHEICのオリジナルはそのまま残り、編集したjprg画像が複製される。

こんな感じですね。

一方編集したい画像がjpg画像であった場合、ファイルアプリで編集した場合は複製されることなくそのまま上書き保存となります。

つまり、編集しようとしているオリジナルの画像がHEICなのかjpgなのかで挙動が違うのでしょう。

そういう仕様で無理なんじゃないでしょうか。

個人的には、画像に書き込んで1と1のコピーができたら、今回で言うと1の方（書き込む前のもの）を削除すればいいと思います。手間もほとんどかかりませんし…