自分が利用する複数の Apple ID でファミリー共有することは問題ないか

なにも抵触しないので、心配無用です。

ちなみに、データの移行は、以下の手順で

使わなくなるAppleIDの端末でiCloudからサインアウト

iCloudのデータを端末に残すか尋ねてくるので残すを選択

メインにするAppleIDでiCloudにサインイン

端末のデータをiCloudに統合するか削除するか尋ねてくるので、統合を選択

で、iCloudのデータは統合できます。

その後、純正以外のアプリを削除、再入手（再購入）すればアプリの更新も完了します。

アプリのデータは基本的に端末上に保存されるので、アプリを入れ直して持ち主を変えるだけで良いはずです。