入力のAPPが自動で削除される

「設定＞App Store」の「非使用のアプリを取り除く」がオンになっていませんか？

「使用していないアプリ」を自動的に取り除くオプションですが、その入力APPが使用されていないと誤認識されるとか。

そして、空き容量が数GBしかない状態を何とかする方がよいと思います。アプリの削除なんて、よほど容量の大きいゲームとかでなければあまり効果はなく、写真やビデオ、音楽（Apple Musicを利用しているならダウンロード曲数が多くなっていないか…）などのデータを整理する方が効果的です。

そこはOS任せなので、ユーザではどうしようもないかも。

空き容量を十分余裕をもって確保するしかないかなぁ。