iPhone - ファイルで編集を加えた PDF ファイルが消えてしまう

まず、消えてしまったデータは iPhone本体に保存されていたということなので、復元するには バックアップから戻すしかありません。喪失してしまう前のバックアップはありますでしょうか。

特定のアプリの挙動がおかしい場合には、データは削除せずにアプリだけを取り除いて アプリを再インストールする方法があります。

設定＞一般＞iPhoneストレージ＞(目的のアプリ:この場合は「ファイル」)＞

から、一度 アプリを取り除いて、再インストールをしてみてから 編集したPDFの挙動が正常にならないか試してみてください。

アプリを削除の方ではありませんので お間違い無く。

バックアップとった記憶がないなら、ないと思います。アプリの再インストールでも戻らなかったとのことなので、厳しいかと。

バックアップ設定は

設定＞自分の名前＞iCloud＞アカウントのストレージを管理＞バックアップ＞

から確認してみてください。