PayPay でゲームに課金しようとしたが、やり方がわかりません

iPhoneの「設定＞氏名＞お支払いと配送先」の「お支払い方法」でPayPayがいちばん上になっていますか？

なっていて、残高が十分にあれば、普通に購入手続きを進めればPayPayで決済されるはずですが…（Face IDまたはパスワード入力で決済すればPayPayの残高から支払われます）。

PayPayをメインの支払い方法にすれば、サブスクリプションの料金もまずここから支払われます。だから、残高がまだあるはずと思っていても実際には残高不足で、不足分が、2番目に登録されているキャリア決済から支払われるということはあり得ます。それはやむを得ないのでは…？

現在はPayPayがメイン（いちばん上）の支払い方法になっているのですか？

残高はありますか？

「やり方」って、それだけなんですが……。

もしかして、メインにする方法がわからないということでしょうか。

右上の「編集」を押して、支払い方法のリストの右側の「3本線」を押さえると、上下に移動できます。そのあと「完了」を押してください。

購入したものはデジタルデータですよね。

「返金手続きをした」とお書きですが、返金は認められたのですか？

その場合、購入したアイテムはどうしましたか？　削除できたのでしょうか。

……と、いろいろ疑問があるので、これ以上はAppleサポートに問い合わせる方がいいと思います。