iPhone と iCloud に保存されているデータを重複なく Mac に保存したい

>9429項目がアイクラウドに同期されていません

こういうメッセージが出るということは、iCloud写真をお使いだと思いますが、間違いありませんか（この情報が重要です）。

iCloud写真をお使いで、iPhoneの方で「写真の最適化」がオンになっている場合、①でiPhoneからMacBookにコピーされるデータは圧縮されたものでしかないので、手順としては、すべての写真をiCloud写真にアップロードしてから、MacBookでiCloudの写真をダウンロードすることになると思います。一時的にでもiCloudストレージを増量して、同期を終わらせてはいかがですか。

iCloudからMacBookに直接データをダウンロードすれば、②の操作は必要ありません。

そして③ですが、せっかくダウンロードしたデータをUSBメモリに保存することは、まったくおすすめできません。USBメモリは長期保存には向かないと思います。MacBookにじゅうぶんな空き容量がないのなら、外付けのHDDを用意されるのがよいと思います（保存用ならSSDでなくてもいいし、HDDなら大容量のものでも安く買えるのでは？）。

USBメモリはこわれやすいと言われています。

それからなくしやすいという欠点も…（個人的見解です）。

HDD（「ハードディスク」ならおわかりかと思います）、SSDはストレージの種類です。今では、たいていのパソコンの内蔵ストレージはSSDです。データ量が大きくて内蔵ストレージがいっぱいになりそうな場合に、外付けストレージを購入して、使用頻度の低いデータをそちらに移したりします。SSDの方が書き込みの速度が速いし、可動部分がないのでHDDよりもこわれにくいと言われますが（HDDは落とす、ぶつけるなどの衝撃に弱い）、同じ容量ならHDDより高価です。保存が目的なら、HDDでもいいかなと……。