MacBook Pro - 初期化したら書類フォルダが見えなくなった

Macの再起動やセーフブートは試されましたか？

また、システム環境設定＞Apple ID(ユーザー名）＞iCloud＞iCloud Driveで、『iCloud Drive』や『デスクトップと書類フォルダー』右側にあるスイッチがオンになっていれば、一旦、オフにして、再度オンにするとどうでしょうか？

どこで見えないのか、もう少し詳細を書かないと何ともです。

単にFinderウインドのサイドバーに無いだけなら、Finder設定で

チェックされていないだけだろうし。