iPhone -「x-apple-send-later」に移動したメールがどこにあるか

『send-later』になっているので、送信済みのメールボックスを探してみるとどうでしょうか？

「あとで送信する」ですから「下書き」フォルダに入るのかなと思いますが、どのように操作すればその「x-apple-send-later」が表示されるのでしょうか。こちらでは確認できませんでした。

iPhoneでの操作ですか？

メールアプリで操作したのか、iCloud.com（ブラウザ）で操作したのか、どちらでしょう。

iCloudメールのフォルダは（デフォルトでは）そんなに数が多いわけではないので、各フォルダを開いて差出人やタイトル（の一部）で検索すれば見つかりませんか。