iPhoneにあるNumbersに保存してたデータが消えた

保存先はiPhone本体だったのでしょうか。

バックアップは定期的にとっていましたか。

そのバックアップが存在するなら、バックアップをとった時までのデータは取り戻せますが、その他のデータや設定もその時ま戻ってしまいます。(バックアップ以降に追加したデータや写真などが消えてしまう可能性あります)

Numbersのデータ保存先がiCloudだった場合は、常に最新に上書きされるのでおそらく難しいです。

iCloudストレージがいっぱいで同期が止まっていた場合、データが更新されていないデバイスからアクセスしたら 古いデータがiCloud上に上がってしまうことがあるので、そうやってデータ喪失してしまったのでは、、と推測します。