3000円分を購入したのに残高1000円しかありません

失礼致します。

他の支払いにも何も使ってません

Apple Account にチャージしたタイミングで、解約し忘れたサブスクリプション等の支払いに使用された可能性 は有りませんでしょうか？

（下記リンクの手順で、解約し忘れたサブスクリプション等が無いか確認して見て下さい）

• 「有効期限」が表示されていて、「サブスクリプションをキャンセルする」ボタンが表示されていない場合は、当該のサブスクリプションは解約出来ています。

Appleのサブスクリプションを解約する必要がある場合 - Apple サポート (日本)

また、がりゅりゅ8787 さんがファミリー共有の管理者である場合は、ご家族の購入分の支払いに使用された可能性が無いか確認 して見て下さい。（「購入履歴」で 「Apple Account」ボタンを選択し、家族の名前を選択）

請求明細に「apple.com/bill」と表示されている場合 - Apple サポート (日本)

上記に問題が無い場合は、Apple Account にチャージされた残高が正しく反映されていない可能性が有りますので、一旦サインアウトし、サインインし直してから、Apple Account の残高を再び確認 して見て下さい。

Apple Account の残高を確認する - Apple サポート (日本)