暗号化されたエンドツーエンドのデータをリセットするとどうなりますか？

エンド・ツー・エンドのリセットじゃなくて、エンド・ツー・エンドのデータのリセットと言われましたか？

データという言葉が入るだけで意味はまるっきり違います。

普通はデータのリセットなどと言われないと思いますが。

新しいデバイスに今までの自分で使ってたApple Accountを設定するとエンド・ツー・エンドのリセットが必要です。これはicloud を利用する際、データなどは自分のデバイスで暗号化され相手や自分のicloudに送られます。でも、icloudでは暗号化はデコードされないようになってます。これによって、個人のデータが意図した相手以外には（たとえAppleといえども）中身を意味ある形で見ることができなくなってます。これがエンド・ツー・エンドの暗号化です。でも、このように暗号化されてると、自分の新しく追加したデバイスさえ自分のicloudデータを読み出したりできません。そこで、エンド・ツー・エンドのリセットをして、自分の使ってるデバイスでは、すべてのデバイスについて、暗号化の鍵を共通化する作業を行います。これによって、自分のicloudのデータを、新規デバイスも含めてすべての自分のデバイスで利用できるようにします。このため、icloudを新規デバイスでも利用するためにはエンド・ツー・エンドのリセットは必須の作業です。

別にデータが消えるわけではありません。

話を単純にするためにicloudのデータ全てがエンド・ツー・エンドの暗号化の対象のような書き方をしましたが、実際には、いろいろな他の制限との兼ね合いで、対象にならないデータもあります。icloudで高度なデータ保護をオンにすると可能な限りすべてのデータがエンド・ツー・エンドの暗号化の対象になります。

iCloud のデータセキュリティの概要 - Apple サポート (日本)