Appleアカウント2つのiPhoneで重複する

その重複してるアカウントは元々娘さんが使ってたものですから、息子さんが新しくアカウントを作成して、その新アカウントを使うべきです。

具体的には、息子さんのiPhoneで、設定＞氏名（Apple Account）を開け、下までスクロールしてサインアウトにします。この時にデータを残さないようにします。そうすると、設定＞Apple Accountで新アカウントを作成できるようになりますので、新しいものを作成します。以後息子さんはその新しいアカウントを使うようにします。アプリなどは新アカウントで再購入になります。もし、親御さんがファミリー共有とかにしてるなら、息子さんのアカウントもファミリー共有のメンバーにします。

娘さんのiPhoneには息子さんに由来するものが残ってますので、そういうものは全部消去します。これで、娘さんと息子さんは全く別のアカウントで使えるようになります。

息子さんのデータを残したい場合は、はにさんの紹介の方法でサインアウト時にデータを端末に残すを選択

息子さんのアカウントでサインインしてデータを持ち込んだ後、娘さんのデータを削除、娘さんのiPhoneからは息子さんのデータを削除する手もあります。

ファミリー設定等ははにさんのアドバイス通りです。