Apple Account - 乗っ取りに関してクレジットカードが悪用されないか心配

Apple Payで送られるカード情報は本当の番号ではありません。なので、Apple Payで送られる番号ではカードを使えません。カードを使うためには、Apple Payを設定してるデバイス自身が必要です。なので、iPhoneごと盗まれない限りApple Payを他人が使うことはできません。デバイスごと盗まれても、Apple Payを使うにはFace IDやTouch IDの生体認証が必要ですから、他人が使うのは難しいです。iPhoneの盗難・紛失の場合には紛失モードにすれば、Apple Payのカードは使えなくなります。

Apple Payのセキュリティとプライバシーの概要 - Apple サポート (日本)

乗っ取られたアカウントは無効にしてもらっているのでしょうか。

無効にしているのであれば問題は無いかと思いますが、念には念をということでカード番号の変更をカード会社に相談した方がいちばん安全だと思います。