設定のストレージでは20GBあるゲームのアプリがiCloudのバックアップでは1.3MBしかない

そのバックアップサイズで大丈夫かどうかはT22Tさんが言われている通りゲームサポートにご確認を。

一般的にゲームの表示などに必要な画像や動画などがゲームのデータに含まれていますがバックアップはしないと思います。

もう一度ダウンロードしたら良いものなので。

あとゲームアカウント(メールアドレスの登録など)がある場合はゲーム会社のサーバにバックアップがある場合があります。

それはそのゲームの開発者などに聞かないと誰もわからないと思います。