失礼致します。
気になったためdocomoショップに行くと、『Appleストアで購入したiPhoneは下取り対象外』と言われました。
docomo の「iPhone の下取り価格」のページの「下取り対象機種および下取り価格(進呈ポイント数)」の項目で、下の画像の様に SIM フリー iPhone も下取り対象機種に含まれる と記載されています。

また、docomo の「下取りプログラム」のページの「下取りプログラムについて」の項目にも、「Apple Store で購入した iPhone は下取り対象外」なる条件は記載されていません ので、以下の条件を全て満たす場合は、再度ドコモに確認 された方が宜しいかと思います。
【 適用条件 】
- 携帯電話機等のご購入時に、下取り申込み機種を下取りに出して頂く事。
- d ポイントクラブ/ドコモビジネスメンバーズに加入されている事。
- 以下の下取り条件を満たす対象機種を下取りさせて頂く事。
【 下取り条件 】
- 他社が販売した iPhone・iPad・Apple Watch、Android TM 機種、スマートウォッチ の場合、以下条件を満たす事。
- 下取り申込み機種が正規店で購入されている事。
- 新規契約(MNP 含む)と同時に、ドコモの iPhone・iPad・Apple Watch、Android TM 機種、スマートウォッチをご購入頂き、下取りのお申込みを頂く事。
- お客様が下取り申込み機種の所有権を有している事。
また、下取りを使わずに高く売るならどこが良いかアドバイスをいただけませんか?
そもそも、ジロウ213 さんがお使いの iPhone SE が第 3 世代なのか第 2 世代なのかも分かりませんし、スペック(ストレージ容量)も不明ですので何とも言えませんが、もし、お使いのモデルが iPhone SE(第 3 世代)256 GB モデルの場合は、Apple で下取りして貰うより若干高額になる可能性が有りますので、下取りではなく買い取りをご希望の場合は、docomo の「下取りプログラム」のページの最後に有る「買取プログラム」を利用 されて見ては如何でしょうか?
(こちらは、ドコモのパートナー企業である、Belong が提供するサービスになります)
<追記>
docomo の当該ページの URL やリンクを貼ろうと思ったのですが、何故か「投稿に許可されていないコンテンツが含まれています。」のエラーになってしまいますので、お手数ですが、docomo の公式サイトで当該ページを確認 して下さい。