サブスクの支払い方法をApple Accountのチャージ分から変更する方法はありますか

“Apple アカウントの残高” での支払いが不可とされるものを除き、支払い方法は “Apple アカウントの残高” が最優先とされており、その変更はできません。この仕様に関しては、Appleはもちろん他社（Googleなど）でも一緒です。

アイテムを購入した場合やサブスクリプションの料金を支払う場合、以下の順序でお支払い方法に代金が請求されます。

1. Apple Accountの残高から、請求額の全額が差し引かれます。Apple Accountの残高で購入できるものについては、こちらの記事を参照してください。
2. Apple Accountの残高がない場合や、請求総額を賄うには残高が不足している場合は、主要なお支払い方法への請求が試みられます。ファミリー共有をお使いの場合、Appleはファミリー管理者の主要なお支払い方法より先に、個人のApple Accountの残高に請求します。
3. 主要なお支払い方法に問題がある場合や、主要なお支払い方法に請求残額を全額請求できない場合は、リストの上から下の順番で、ほかのお支払い方法への請求が試みられます。主要なお支払い方法は一番上に表示されます。お支払い方法を管理するときは、「編集」をタップしてお支払い方法を並べ替えます。 
4. どの方法でも請求できない場合は、最初から請求がやり直されます。

詳しくは以下のサポートドキュメントをご覧ください。

Appleのアプリ、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)