起動ディスクが不可視になってしまいました。

別ユーザでログインするとどうですか？

> はにさん
新しくユーザーを追加してみましたが、そこでも表示されませんでした。
ファインダーの環境設定も表示する設定になっていました。

別ユーザでもダメとなると、システムの異常ですね。
セーフブート(シフトキーを押えて起動、キャッシュやフォントキャッシュ等をクリアして起動。そのため少し時間がかかります)で直りませんか？
それで直らなかったら、初期化再インストールしか思い付きません。

＞HD（起動ディスク）の容量を確保しようとしてファイルを削除していたら、突如として起動ディスクがデスクトップから消えてしまいました
弄るべきでないシステム関連のファイルを削除してしまったのでしょう。
システムの新規インストール当初からあるファイルは、不用意に移動したり削除したりしないことです（初心者の方はよくこれをやって自滅します）。
バックアップがあればディスクユーティリティの復元で元に戻すことができますが、なければ、はにさんのおっしゃるように初期化再インストールしかないと思います。

>HDの属性を見ると不可視になってしまっていますが、これをエディットできるアプリでは修復できませんでした
いろいろありますが、どんなアプリを使ったんでしょうか？
一番確実なのは、Developer Toolsに入っているSetFileコマンドです。

みなさん、返信ありがとうございます。
セーフブート試してみました。結果は変わりませんでした。
ファイルの削除は、まずはユーザーフォルダ以下の各フォルダの容量の大きいところから不要なファイルを削除してゆき、ローカル（起動ディスク）直下のシステムには手をつけませんでした。
そしてローカルのライブラリフォルダのプリンタ関係のファイルが容量をとっているなぁ・・・
と眺めていたところ、すべてのフォルダが閉じて起動ディスクがデスクトップから消えたのです。
気をつけていたのでシステム関係のファイルには手をつけていなかったはずなんですが・・・。
よく分からないのは、FileBuddy等の属性を変更できるアプリで起動ディスクを見るとやはり不可視のチェックが入っていて、これを外す事が出来ないのです。
違う言い方をすると可視属性として設定を保存できない感じです。
（現在の起動ディスクだからですかね？）
ディスクの修復を試してみれば良いのかもしれませんが、残念ながら現在出先のためDVDが手元にありません。
いずれにしても現在特に不具合無く動作しているので後でディスクの修復を試してみます。

返信ありがとうございます。
とりあえずFileBuddy8を使ってみました。
> SetFileコマンド
これ、ネットで見つけたんですが、あいにくDeveloper Toolsはインストールしていません。これも後で試してみます。

もしかして、起動ディスクの名前の先頭に . (ピリオド)がはいっていませんか？
勘違いかもしれませんが、お調べください。

返信ありがとうございます。
エイリアスの名前、FileBuddyで情報をみる等、確認できる限りでは . (ピリオド)は入っていません。

現在の起動状態でディスクの修復を試しましたが、「問題はない」と報告されました。

わたしも同じ症状になりました。
ひょっとすると音楽系アプリケーションのコピープロテクションが怪しいように感じます。
わたしはアップルのサポートセンターの勧め（というかこれ以外に手段はないといわれました）で、フォーマットおよび初期化をおこないましたが、わずか1日たらずで元の症状になりました。
音楽系のソフトを多様するため「初期化しても消えないオーサライズ情報」等を利用するコピープロテクションツールやドングルが多数あります。ちょうど先日そのツールのアップデートをおこなったばかりで、それが原因ではないかとおもっています。
ハードディスクが不可視以外はまったくもって正常に動作していることもなぞです。ファインダーから見れないだけで、ほかのアプリケーション等からは見えるという不思議な状態です。
そこで、あーるさんも同様に音楽系のソフトをお使いではないかと感じたため、書き込ませていただきました。

返信ありがとうございます。
NAOさんのおっしゃるとおり、音楽系のアプリは多数入っています。
そのオーサライズが めんどくさいなぁ と思っていたので、なるべく初期化再インストールをしたくなくて、不具合も無いので放置していました(^^;
興味深い内容ですね。
ドングルはiLokとSyncrosoftのを使っています。
ドングル系以外で「初期化しても消えないオーサライズ情報」を利用し、最近アップデートされたツールというとNIのServiceCenterですね。これが怪しいかもですね。
今のところG5では症状が出ていませんが、NAOさんはG5で症状が出ているのですか？

DesktopにHDDを表示しない方法を試されたら...
Finder > Preferences > General
_ Hard Disks
Desktopには未処理のdocsがあるだけで、処理がすめば所定の場所に保存します。
これだと間違って大事なOSXのfileを捨てたり、大事なdataに直接アクセス出来ません。FinderからHDDやdataにアクセスされた方が安全かも。
ちなみに当方ではsymbolic linkでつないだMail/, iTunes/, iPhoto Libraryなどは不可視にしていて直接アクセスは出来ません。:-)

早速のご返信ありがとうございます。
私の方では、３度のフォーマットと再インストールを行いましたが、３度とも消えました。使用時間はまばらですが１日以内に消えています。
私の方も、iLok、Syncrosoft系、NIのサービスセンターとあーるさんと同様の環境にあります。使用しているのはG5です。NIサービスセンターは最近またアップデートしましたよね、それと私の方ではロジャーニコルスのプラグインのデモ版と一緒にPACEのiLokドライバーなどが最新にアップデートされたようです。
NIサービスセンターはたびたびアップデートしているので、まだ不安定な部分があるんでしょうか？ちょっと原因として怪しいですね。
あ〜るさんのおかげで、似た環境で同じような症状に会われている方がいらっしゃる事がわかり、大変有益な情報になりました。一度、代理店に問い合わせてみたいとおもいます。

> NAOさん
3回も再インストールしたんですか!?　それはお疲れさまでした。
私の方では ほぼ同じ構成のG5では発生していません。iLok、SyncrosoftともにMacBook Proと同じVer.（のはず）ですので違うのはService Centerだけのような気がします。
NIの最近のアップデートがほとんどがUB対応なのとネット（ダウンロードなども）にはほとんどMacBook Proを使用しているのでG5ではService Centerを起動していませんでした。（つまりアップデートされていません。）
ちなみに：起動ディスク/ライブラリ/Application Support/以下にあるそれぞれのファイルのVer.はSynsoSeL.bundleが1.0.0.7でSynsoacc.bundleが1.8.1.0でiLok関係はすべて5.4.1でした。
NI Service Centerは頻繁にアップデートしていますが、ウィンドウの右下に出ているVer.No.がずっと同じままなんですよね。だからなんか変だな、と思っていたんですよ。（←既に犯人扱いでですが・・^^;）
もしかするとアップデートされているのは不可視のオーサライズ用ファイルだけで、アプリそのものはアップデートされていないのかもしれません。
私にとってもNAOさんの存在は大変心強いものになりました。書き込みありがとうございました。
新しい情報がありましたらまた書き込みます。