起動ディスクが不可視になってしまいました。

>うーん...　そうかなぁ...　一連を見てて思った事を書きます。
使用頻度は低いのですが、僕もSyncrosoftのドングルはCubase Studio4などで、またNI Battry 3もIntel Mac mini（10.4.9）にインストールしていますが、特におかしな事にはなっていません。

MIDIAサポートの方から返答がありました。MIDIAサポート担当の方でも再現されていて、問題は認識しているので、NIに連絡を取っているところだそうです。
その後は、DevToolの方で可視属性を修正してしのいでいますが、酷い時は１日に２、３回ほど修正の必要があったりします。あくまで印象としての話ですが、Kontakt2でサンプルを読み込んでインストゥルメントのエディットを多くやったりすると、頻繁に発生するように感じます。逆にエディットやセーブをほとんど行わず、単に読み込んでプレイバックするだけなら、症状は全く現れません。
気になる点としては、NI製品を全く使用しない友人のシンクロソフトのドングルのみインストールした環境で同じ症状が発生しました。まさか、OS側がなんらかのアクションに対して誤動作を起こしているのではないかとも感じました。
アップルに問い合わせたところ「そういう事があり得る可能性はあるが、何が原因かはエンジニアにもわからなかった」との回答です。
あとは以前のレスでも書いたのですが、MIDI over LANを入れたとたんに消えた経緯もあったので、ネットワークの組み方や、利用なども要因として挙げておく必要があると思いました。
それでは、長文失礼いたしました。
MIDIAサポートからは引き続き連絡をいただけるとの事なので、何かあったら報告だけでもさせていただきます。

いつも報告ありがとうございます。
これまでの状況からすると「プロテクションのユーティリティがインストールしてあるシステム（OS)上でファイル操作をすると発生する確率が高い」という感じですね。
実際にうちのMacBook Proではファイル操作をしている最中に発生していますからね。
あまりに頻繁に発生するようなら起動ディスクのエイリアスをデスクトップに作っておくと便利ですよ。（何の解決にもなりませんが・・・）

時間ができたので、以前あーるさんが書かれていた
外付けHDDから起動しDevToolで修復するやり方を試みようとしたのですが…。
なんと、
問題のMacBook（起動ディスクが不可視になっているパソコン）に接続した
外付けHDDがどれも起動ディスクとして選択できなくなっているようです（泣）。
（もちろん、外付けHDDにはOSも入っています。）
しかも、OS10.4インストールディスクからも起動できず、さらに、
そのMacBookをターゲットモードで起動し別のパソコンに繋いでも、
そこでもMacBookのHDDのアイコンが出てきません。
（ただマウント自体はされているようで、
勝手にFireWireのケーブルを抜いたら注意されました。）
これらの症状も起動ディスクが不可視になっていることと何か関係あるんでしょうか？
うーむ、
これまでただ不可視になっているだけでとくに困っていなかったのですが、
こうなるとなんだか一大事な気がしてきました。

HDDが不可視になっているとAppsが作ったdocsなどにaccess出来なくなります。
Terminalに下記のtextをpasteしてreturnを押して下さい。
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles ON; killall Finder
defaults delete com.apple.finder AppleShowAllFiles; killall finder
# defaultsに戻します。

ぴっぴさん、早速のレスありがとうございます。
Terminalに教えていただいた一行目をpasteしてreturnを押してみましたところ、
確かにMacintosh HDがデスクトップに出現しました。
ありがとうございます！　それと当時に、
ネットワーク
.DS_Store
.localized
.userchain
というアイコンもデスクトップに出現しました。
ただ、Finderウィンドウのサイドバーには以前ハードディスクは現れません。
（環境設定のチェックを入切してみても。）
それから、やはり外部HDDやOSディスクを起動ディスクとして選択できない
のは依然同じなようです。
そうこうして２、３度再起動などしてましたら、
またいつの間にかハードディスクが消えてしまいました。
皆さんが既に経験されていることを後追いしている感じでしょうか。
うーん、もう少し皆さんのレスを熟読して対処してみます。
しかしこのままだと外付けのものから処置できないのですよね。

載せたtextは不可視file/folderを見えるようにするだけですのでHDDを可視にするのはSetFileで行って下さい。でも問題を起こす3rd partyを外さないと同じ結果に...