Macmini(2014)で外付けSSD（USB3接続）にインスールしたハイシエラからモハベへアップデートしたときに、再起動、起動するときに起動音がしてしばらく黒い画面のまま３，４分ぐらい経ってやっとリンゴマークが出てきます。
そして、起動すると使えるんですがこれだけ待って使うのはSSDで起動している意味がありません。
また、ハイシエラで2018年10月31日にインストールした「Security Update 2018-001 High Sierra」を適応しても同じ状態になります。
USB3接続のSSDで起動するのに何かアップルがセキュリティー対策で何か対策して遅くなったのでしょうか？
Mac mini, macOS High Sierra (10.13.6)
USB3接続のSSD（ケース:KOR-2598C3-BK、SSD:CSSD-S6O240CG3VPで起動しなかった）から、
最近買った
Transcend Thunderbolt対応 USB3.0/2.0 ポータブル SSD StoreJet for Mac 256GB
（TS256GSJM500）をつけ、OSをMojaveでインストールしたSSDからあっさりと起動しました。
しかし、起動にはHigh Sierraより若干遅く感じます。
USB3接続のSSDも「for Mac」と銘打ったMac対応の機器にする方が相性がいいと思います。
私の場合はThunderboltインターフェイスで改めて試しましたが「for Mac」という「保険」で
Thunderboltインターフェイスにしました。USB外付けケースと2.5インチ汎用SSDでは相性問題というリスクがあるので気軽に選択できないことがよくわかりました。
USB3接続のSSD（ケース:KOR-2598C3-BK、SSD:CSSD-S6O240CG3VPで起動しなかった）から、
最近買った
Transcend Thunderbolt対応 USB3.0/2.0 ポータブル SSD StoreJet for Mac 256GB
（TS256GSJM500）をつけ、OSをMojaveでインストールしたSSDからあっさりと起動しました。
しかし、起動にはHigh Sierraより若干遅く感じます。
USB3接続のSSDも「for Mac」と銘打ったMac対応の機器にする方が相性がいいと思います。
私の場合はThunderboltインターフェイスで改めて試しましたが「for Mac」という「保険」で
Thunderboltインターフェイスにしました。USB外付けケースと2.5インチ汎用SSDでは相性問題というリスクがあるので気軽に選択できないことがよくわかりました。
ブートプロセス時のセキュリティー強化の弊害の可能性、その外付けケース？がブート未対応（過去にはFW、USB接続可能でもUSB接続ではブート未対応として販売されてた物もあります。少し前のOSではブートできましたが）である可能性もあるので、外付けケース？の詳細があればもっと情報が集まるのでは？
＞外付け → 外付けあるいは外付け → 内蔵の再起動はすごく遅いです（システム環境設定の起動ディスクで選択）。
macOS High Sierra の時もこの症状があったと思います。私はこれを回避するために、外付け SSD から起動する時はスタートアップマネージャーから起動するようにしています。
外付けSSDでAPFS、使用済み領域が6GB、起動可能がいいえ………。
バックアップはありますね？ 私なら、外付けSSDを初期化してHFS+で再インストールを試してみます。
High Sierraからのアップグレードで自動的にAPFSに変換されたのなら、インストールに失敗してそうな感じですね。
他のやり取りを見ると、外付けストレージの取り扱いに不具合があるようなので、それも影響してるのではないかと思います。
macOS High Sierra の時もこの症状があったと思います。私はこれを回避するために、外付け SSD から起動する時はスタートアップマネージャーから起動するようにしています。
Startup Manager でも外付け SSD が APFS な macOS から（再）起動すればより遅いことに変わりはないです。それと外付け SSD が HFS+ な macOS（例えば Yosemite とか El Capitan とかの複数のパーティションがある場合など）ならどういう方法でももっと速いです。
二つある外付けケースが同一の物なら、不具合起きてる方の外付けケースにアップグレードしていないMac miniでそのMac miniと同じバージョンのOSをインストールしブート可能か確認する。 それでブート可能なら、外付けケースとSSDには問題がないとなります。 その場合、OS 10.14ではその組み合わせは未対応となるのでしょう。
しかし、ブート可能な組み合わせもあるようなので、OSのセキュリティーが厳しくなったのではないかと思います。
純正SSDを使った外付け環境で起動に時間がかかるようなので多分………
optionキーを使ってスタートアップマネージャーを表示させても、外付けSSDは起動項目に表示されないのですね？
MacBook Pro SSD Mojave APFS と USB 3 の外付け SSD El Capitan HFS+（パーティションを再作成）の組み合わせだと起動音が鳴ってから Startup Manager のウインドウが表示されるまで約 5 秒。外付け SSD にボリュームを追加して Mojave APFS をインストールした状態だと Startup Manager のウインドウが表示されるまで最短の場合約 10 秒（Mojave 単独でも同様）。外付け SSD に APFS な macOS がインストールされていると（再）起動関連が色々と遅い印象。
個人的にはクリーンインストールかどうかというより外付け SSD（USB 3 接続）に APFS な macOS がインストールされている場合とそうでない場合との差について考えています（例えば外付け SSD に El Capitan のみがインストールされている場合と El Capitan と Mojave（あるいは Mojave のみ）がインストールされている場合とでは（再）起動に関して後者の方が遅い）。
既出のリンク先ですが今のところ回避策らしきものがまとまっているのはこの辺の投稿とか（10.14.1 では解決しないですけど）。
ttps://discussions.apple.com/thread/8558478?page=7
ttps://discussions.apple.com/thread/8558478?answerId=34006993022#34006993022
アップグレードの度にこのようなことが続く可能性があるな正直かなり面倒な………
外付け SSD で APFS な High Sierra なら Mojave と同じくらい遅いです（HFS+ なら速い。Mojave は基本的に APFS 強制）。それにファイルシステムは頻繁に変更されないと思います。
ttps://discussions.apple.com/thread/8569510?answerId=34002633022#34002633022
次のリンク先は同様な問題です（あれな方法で外付け SSD の APFS を HFS+ に変換すると起動が速くなるという話もある）。
slow boot on external SSD with Mojave - Apple Community
Slow boot Mojave - Apple Community
Slow Boot Up on Mojave - External USB SSD - Apple Community
Slow boot time after update to Mojave - E… - Apple Community
Problem slow boot with apfs on ssd extern… - Apple Community
ところで MacBook Pro 内蔵 SSD Mojave APFS と外付け SSD Mojave APFS（USB 3）だと内蔵 → 外付けの再起動は Apple ロゴが表示されるまでそれなりに速いんですけど外付け → 外付けあるいは外付け → 内蔵の再起動はすごく遅いです（システム環境設定の起動ディスクで選択）。
USB 3.0 外付け SSD にOS X El Capitan 10.11.6（ HFS+ ）をクリーンインストールし、認識時間を計測してみました。クリーンインストール後内蔵 SSD が認識されるのに時間がかかるようになりましたので、いつものように PRAM リセット実行した後計測したところ、電源オンまたは再起動からスタートアップマネージャーが表示されるまで１０秒〜１２秒でした。macOS High Sierra 10.14.1（ APFS ）の時の２０秒〜２５秒と比べ認識時間が半減しています。
以上、情報提供まで。
Mac mini では無いので参考程度に。
Apple 純正 256GB SSD が内蔵された Century 製 USB 3.0 MOBILE BOX を MacBook Pro 15 Retina Mid 2012 に USB 接続して macOS Mojave 10.14.1 をクリーンインストールしました。インストール時のフォーマットは GUID パーティションマップ、Mac OS 拡張（ジャーナリング）ですが、インストール完了後フォーマットが APFS に自動変換されていました。インストール完了後、内蔵 SSD からの起動で「ジャーン」と言う起動音の後アップルマークと進捗バーの表示まで時間がかかるようになりましたので、PRAM リセットを実行しました。その後、USB 外付け SSD を接続し、スタートアップマネージャー経由で外付け SSD から起動しましたが問題無く起動しました。USB 外付け SSD が認識されるまで少し時間がかかります。１０秒〜１５秒でしょうか。ただ、これは macOS High Sierra の時（外付け SSD には OS X El Capitan 10.11.6 をインストールしていました）も出ていた症状なので、相性問題の可能性もあり気にしていませんでした。
以上、ご報告まで。
誤解してほしくはありませんが、スタートアップマネージャーに表示されないのは時間の問題（忍耐が足りない）なのか？ それとも外付けケースのチップの問題なのか？
本家の方だと数分かかるという人もいるようです。
起動時間の問題は起動ディスクとして設定できるようになった後の問題ですね。
システム環境設定の起動ディスクで TS256GSJM500 の Mojave を選択して「しかし、起動にはHigh Sierraより若干遅く感じます。」なら APFS の影響なのかもしれません。
外付けケースの問題でしたか。 おそらくは、その外付けケースに使われているチップが問題だったのではないでしょうか？ FireWireの頃なら、Oxford社製のように。
とは云え、起動時間の問題はまだあるようなので、以前のようにはいかないということですね。
アップグレードの度にこのようなことが続く可能性があるな正直かなり面倒な………
外付けSSD起動トラブル(macmini2014）USB3接続のSSD
