Macmini(2014)で外付けSSD（USB3接続）にインスールしたハイシエラからモハベへアップデートしたときに、再起動、起動するときに起動音がしてしばらく黒い画面のまま３，４分ぐらい経ってやっとリンゴマークが出てきます。
そして、起動すると使えるんですがこれだけ待って使うのはSSDで起動している意味がありません。
また、ハイシエラで2018年10月31日にインストールした「Security Update 2018-001 High Sierra」を適応しても同じ状態になります。
USB3接続のSSDで起動するのに何かアップルがセキュリティー対策で何か対策して遅くなったのでしょうか？
Mac mini, macOS High Sierra (10.13.6)
USB3接続のSSD（ケース:KOR-2598C3-BK、SSD:CSSD-S6O240CG3VPで起動しなかった）から、
最近買った
Transcend Thunderbolt対応 USB3.0/2.0 ポータブル SSD StoreJet for Mac 256GB
（TS256GSJM500）をつけ、OSをMojaveでインストールしたSSDからあっさりと起動しました。
しかし、起動にはHigh Sierraより若干遅く感じます。
USB3接続のSSDも「for Mac」と銘打ったMac対応の機器にする方が相性がいいと思います。
私の場合はThunderboltインターフェイスで改めて試しましたが「for Mac」という「保険」で
Thunderboltインターフェイスにしました。USB外付けケースと2.5インチ汎用SSDでは相性問題というリスクがあるので気軽に選択できないことがよくわかりました。
ケースはパソコン工房で買った
KEIAN (WiZ) 2.5インチ HDD/SSD ドライブケース USB3.1 Type-C ワンタッチ ブラック
KOR-2598C3-BK
で、SSDは
シー・エフ・デー販売CSSD-S6O240CG3VP（240GB,SATA6Gb/s、コントローラーはPhison製 S10）です。
安くあげるためほぼノーブランド品に近い構成です。
やっぱり、ケースやSSDのケーカーや型番をチェックしてはじいているのかもしれませんね。
macOS Mojave 環境で 2D CAD の Dassault Systemes DraftSight 2018 SP3 の動作が重く、おまけに原寸印刷ができなくなった為、CAD 専用環境（ついでに 3D CAD/CAM/CAE Autodesk Fusion 360 も運用）として USB 3.0 外付け SSD（ケースはセンチュリー製 MOBILE BOX 、中身は MacBook Pro 15 Retina Mid 2012 用 Apple 純正 256GB SSD ）に macOS Sierra 10.12.6（ HFS+ ）をクリーンインストールしました。それで、電源オンからスタートアップマネージャー表示までの時間が１０秒〜１５秒でした。私の手持ちのハードウェアでは、これが限界のようです。
ファイルシステムは頻繁に変更されないと思います
語弊のある表現ですみません。 ファイルシステムに関してはそう思います。
誤解してほしくはありませんが、スタートアップマネージャーに表示されないのは時間の問題（忍耐が足りない）なのか？ それとも外付けケースのチップの問題なのか？
チップの問題であれば、起動ディスクとして設定できないとなるので、外付けケースを変更することで解決するはずですが、起動時間の問題は起動ディスクとして設定できるようになった後の問題ですね。
起動時間の問題やスタートアップマネージャーに表示される時間の問題はシステム側の問題（何かしらのチェックをしているかAPFSの問題でしょう？）なのでHFS+でインストールできるようにオプションを再実装してくれるといいのですが………
うちには外付けSSDから立ち上げていたMac miniが2台あります。
一台のOSをアップデートしたら、この問題が発生し、SSDを初期化してOSを入れ直しても起動ディスクにできません。
アップデートしていない方のSSD(起動できる)を問題が起こった方のMac miniに繋いでも起動できません。
元のMac miniに繋ぐと起動できます。
ディスク以外の部分に問題が起こったのでしょうか
セキュリティは関係ないですね。Mac は違いますが私にところで問題なく起動しています。
もしかして、内蔵HDDから起動されていませんか？
私も同じようにアップデートしたら、外付けSSDから起動できなくなり、起動ディスクに外付けSSDを指定しても、内蔵HHDから立ち上がってしまい困っています。
アップデートしたファームウェアに何か認識するような機能でもついているんでしょうかね？
私はもう邪魔くさいけどモハベへアップデートして内蔵HDDから起動して使っています。
起動に大分時間がかかるが仕方がないです。
もうすぐしたら、Thunderbolt2対応のSSDを購入して、試すつもりです。
訂正＞
誤）USB 外付け SSD が認識されるまで少し時間がかかります。１０秒〜１５秒でしょうか。
正）USB 外付け SSD の認識に時間がかかりますので、電源オンからスタートアップマネージャーが表示されるまで２０秒〜２５秒かかります。
多分、相性かも知れませんね。
でも内臓HDD起動時に、ブートで認識しなかったUSB3-SSDが、きっちりと認識されます。謎ですね。
外付けケースは、Salter USB3.0 2.5インチHDD/SSDケースです。
ケースを変えるだけで解決するなら、すごく助かるのですが。
すみません。
Salterではなく、SALCARです。
スタートアップマネージャーでも表示されません。
内蔵HDDで起動後にSSDはデスクトップに現れるので、外部ディスクとして使うことはできるのですが、起動ディスクにできません。
そう言われれば、今回の内蔵 SSD が macOS Mojave（ APFS ）で外付け SSD が macOS Mojave（ APFS ）の時よりも、内蔵 SSD が macOS High Sierra（ APFS ）で外付け SSD が OS X El Capitan（ HFS+ ）の時の方が、電源オンからスタートアップマネージャーの表示までの時間がもっと短かったようにも思います。再度、外付け SSD に OS X El Capitan をインストールして検証（時間計測）してみたいと思います。
macOS Mojave になって、macOS High Sierra と比べて外付け HDD への反応（マウント、アンマウント、待機状態からの復帰）が機敏になり本来の姿に戻ったと思っていたのですが、まだ至っていなかったと言う事ですね。
貴重な情報をありがとうございました。
既出ですがもはやリンク先を読む人はほとんどいないと思うので一応引用しておきます。
ttps://discussions.apple.com/thread/8558478
A friend lent me a ssd thunderbolt drive, which I completely formatted.
With UtilityDisk have created a new APFS partition, and I used Carbon Copy Cloner to do a clone of the entire SSD USB3 to the new Thunderbolt SSD.
After the clone finished I've rebooted the mac, set the new drive as Startup Disk under the settings panel.
After the chime, now the apple logo appear after more or less 10 secs.
The boot time is now reduced from 2-3minutes to complessively about 20-30secs from the chime to OSX.
ttps://discussions.apple.com/thread/8556248
The problem occurs before the Apple logo shows up. It took up to 4 minutes before the logo shows. After that boot time was about 30-40 seconds. With the thunderbolt enclosure it is between 10 to 30 seconds until Apple logo and another 10 to 20 seconds boot time.
ちなみに私の環境だと USB 3 接続の外付け SSD Mojave APFS から再起動すると起動音が鳴ってから Startup Manager のウインドウが表示されるまで約 30 秒。Apple ロゴが表示されるまでさらに約 30 秒。普通の再起動でも起動音が鳴ってから Apple ロゴが表示されるまで 1 分弱。つまりほぼ同じ。そこからログインするまでさらに時間がかかる（多少ばらつきがある）。MacBook Pro 内蔵 SSD Mojave APFS のみだと起動音が鳴ってからすぐに Apple ロゴが表示されてログインするまでの合計は約 16 秒（先ほどの外付け SSD が接続されている場合はより遅くなる）。
私も、USB3SSDでHigh SierraからMojaveへアップデートしたときは、
画面が黒いままなので異常なのかと強制終了して、電源を入れ直しましたが
また黒画面のままなのでほっておくと忘れた頃にアップルマークが表示され
ログイン画面が出ました。
この状態では普通に使う気になれないので、TimemachineでHigh Sierraに戻して
使っていました。しかし、最近のHigh SierraのセキュリティアップデートでMojaveと同じ状態になったので
内蔵HDD起動でアップデータしたMojaveを使うことにしました。
結局、USB3SSDは諦めて、Thunderbolt対応のSSDに変えたら起動できました。
内蔵HDDより早いので今のThunderbolt SSDを使っています。
今後、次期OSのアップデートなどで64ビット専用になったり、セキュリティ強化のため
外部ドライブから起動できるかアップル次第ということになりますね。
まあ、あまりおかしなことはしないと思いますが今後のアップルの方針が不安ですね。
アップルファンをがっかりさせないようにしてほしいものです。
外付けSSD起動トラブル(macmini2014）USB3接続のSSD
