メールを削除した際、MailAppでは削除されていますが、ブラウザ（Hotmail）で開くと削除されておらず、おそらく原因は上記「メッセージを移動」できていないからだと推測しています。メールの受信や送信は問題ないです。Mailに同期させているのはHotmailの１アカウントのみで、他は利用していません（Appleのメールアカウントなど）。
以下試してみましたが、解決しませんでした。
・Mail App、Mac本体どちらも再起動しました。
・「再構築」してみました。
・「同期」してみました。
・「全てのアカウントをオフラインにする」→「オンラインにする」もやってみました。
MailApp自体を初期化したほうがいいのかな？と思いましたが、やり方がよくわからず行き詰まってこちらに相談しようと思いました。よろしくお願いします。
MacBook, macOS Mojave (10.14.3), Mail
imapのメールアカウントがある場合、メールボックスの再構築前にそのメールアカウントを削除し、再構築後に再登録。
気にせず放置でしょうか。
ネットワークの遅延・パケットロス、
メールサーバとクライアント（メールアプリ）とのネゴの遅れ・メール件数のカウントミス、
メールアプリへの過負荷（imapは負担が大きい）、
クライアント（パソコン）でのネットワークIOの過負荷（過剰な同期プロセス）、
などで時々発生する事象なので、対応としてはせいぜいメールアプリの再起動くらい。
最近は、少し減少した感触ですね（サーバの増強が進んだのかも）。
mail.appの初期化でどうこうなるものとも思えないけど。
どうしても気になるなら、以下を試すんでしょうか。
１ セーフブートを実行する（ファイルシステムにあるかもしれない傷を治し、邪魔なキャッシュをクリア）
２ 普通に電源オンし、メールアプリを起動してメールボックスを再構築（インデックスの齟齬を解消）
３ アクセス回線を高速なものに契約変更する。
４ 高速でメモリ容量の大きなMacに交換する。
返事遅くなりすみません！
メール再構築し再登録したことで、直りました。
アドバイスありがとうございました。
お返事ありがとうございます。
そうなんですね・・いろんな可能性があるのですね。知らず知らず過負荷になっていたのでしょうか。
ちなみに、放置していると、そのうち同期するようになるのでしょうか？
すでにこういった現象を経験されているのかと思い、参考までにお聞かせいただきたいです。
ふと見ると消えてる、ような感じです。
最近は、朝一番のCPUが忙しいといっても長い待ちが発生する時間帯（１時間程度で、imapメールを100-200件ダウンロード）に目に付く程度。popのnifty（20-30件）は昔から遅いし。
当初は、icloud.comやgmailで「ダウンロード中」の表記が数時間、継続してたこともある。
そうなんですね。
今回のケースでは、すでにこの状態になって数日が経っているので、何か別のアクションを取らないと治らないのかな・・と思い始めています。
Mail Appを初期化させるには、どうすれば良いのでしょうか？色々調べてみたのですが、OSのバージョンが違う？Appのバージョンが異なるからなのか、できる方法を見つけることができないでおります・・
もし可能でしたら教えていただけませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。
Mail appの「メッセージを移動中」が進みません。
