機種変更して一部しか写真が入ってこないですが、どうしたらいいですか

そうです。　iCloud.comの写真WebAppに表示されないということは、 iCloudサーバー上には写真がありません。

iTunes.appの方にiPhoneのバックアップがあれば、そこから復元するしかないですね。

お使いのMacを使って、iCloud.comの写真WebAppにアクセスして下さい。　そこに表示されるデータがiCloudサーバー上に保存されているデータの全てです。　そこに表示されない写真はiCloud上には存在しません。　そこに700枚以上の写真が保存されていれば、iPhoneにも同期されるはずです。

お使いのiPhoneで、Apple IDを設定していますか？　また、設定＞ユーザー名（Apple ID)＞iCloudで、写真の項目がオンになっていますか？

wifiに接続したままにしてますか。

1）iCloud写真を使っていたのかどうか？

2）Macに関するご質問ではなく、iPhoneに関するご質問でしょうか？