端末を初期化してもiCloud にあるバックアップは消えませんか

どのように消すかによります。

最初にApple IDからサインアウトすれば、iPhoneとicloudの同期はしなくなりますから、iPhone側で何をしようがicloudのバックアップは消えません。

設定＞一般＞転送とiPhoneをリセット＞すべてのコンテンツと設定を消去でiphoneを初期化するなら、最初にApple IDからサインアウトしますからiCloudのバックアップは消えません。ただ、このリセットにすると、最初にiCloudのバックアップを取るように何度も案内されます。すでにバックアップを取ってるなら、ここで再度バックアップを取る必要はありませんので、バックアップする選択肢はすべてスルーして構いません（無駄な時間がかかるだけなのでスルーします）。そうすれば10分程度で初期化できます。

iPhoneやiPadを消去しないでくださいとしてるのは、失敗してバックアップを壊してしまった時の保険のためです。ご希望のように、同じデバイスで初期化してバックアップを戻したいなら、バックアップを取った後で初期化しないことには目的を達成できません。