機種変後旧iPhone のデータを消すと現iPhone のデータも消えてしまう

機種変更で、クイックスタートなりバックアップを戻すなりで新機種に旧機種のコピーができたら、同じApple IDを設定してるわけですから、icloudの同期をオフにしない限り、両方は同期しますよ。旧機種を使うのなら、その使用目的に合わせて設定＞Apple ID>iCloudで、同期したくないものは全てオフにしないと、オンになったままのものは同期してしまいます。

機種変更完了後、単純に旧機種を初期化するだけなら、設定＞一般＞転送またはiPhoneをリセット＞すべてのコンテンツと設定を消去にすれば良いですけど。この場合は、Apple IDからサインアウトしてから（従ってiCloudからもサインアウトされる）初期化しますので、初期化しても、新機種も初期化されるということはありません。この場合、最初にiCloudにバックアップを取ろうとしますが、機種変完了後に初期化したいのなら、バックアップは不要ですので、バックアップのプロセスに入るやいなやすぐキャンセルにする必要があります。