プレビューでPDFを編集後、保存して閉じると、編集内容が保存されていない
過去の eluc_81 さんによる投稿(プレビューで編集した部分が全部保存され… - Apple コミュニティ)と同様の問題に、私も数年前から悩まされています。
プレビューを使ってPDFを編集（ハイライトやテキスト）した部分が、保存されません。
編集直後にはツールバーに「編集済み」と表示され、保存（command + s）するとその表示は消えるので、保存されたと思ってしまうのですが、一度ファイルを閉じて再度開くと、その編集内容が全ては保存されていません。
（ただし保存して閉じる前にそのファイルを別のpdf viewerで開いてもやはり編集内容が保存されていないので、「ファイルを閉じる」という操作は関係なさそうです。）
eluc_81 さんもおっしゃっているように、一部（最初の方に編集した内容）は保存されているのに、全てではないといった現象です。
例えば「ハイライトを3本引いて保存して閉じて開くと、最初に引いた2本しか残っていない」など。
セーフモードでの起動や、他のアカウントでのログインでも、同様の問題が発生します。
環境は、
macOS Ventura 13.1
MacBook Air (M1, 2020)
いつからの問題か覚えていませんが、IntelチップのMacBookを使っていた際も発生していたので、最近のチップやOSの問題ではなく、プレビュー.appに長く付随する問題なのではないかと思います。
(Preview.app)
MacBook Air 13″, 13.1
