USB 接続してるキーボードが常に JIS 配列になっています

macOSにはVenturaをお使いでしたら、「システム設定」＞「キーボード」での設定状況は確認済みでしょうか。

ところでhiiragi123さんがお使いのMacBook Pro本体は、キーボードがJIS配列だったりするのでしょうか。

本体と外付けとで異なる配列のキーボードを利用される方は、“Karabiner-Elements” というアプリをインストールされ、必要に応じてそのプロファイルを切り替えることで対応されたりしているようです。

今は手元にキー配列の異なる外付けキーボードがないので検証できませんが、OS Xのだいぶ昔ですが、接続するだけで自動でキーボードごとに異なるキー配列になってましたけどね。